В бесплатной проверке сайтов проверка происходит из множества точек. Из некоторых точек может быть так, что обращение к вашему сайту будет первое, поэтому информация из ДНС также берётся первый раз, а не из кэша.

В любом случае, когда происходят изменения в ДНС нужно в среднем сутки, чтобы эта информацию у всех обновилась окончательно. В том числе и у нас.